Vranje i okolina su kroz svoju novovekovnu istoriju dugo bili u sastavu pravoslavne eparhije Skopske. U to vreme eparhija je bila u rangu mitropolije i bila je u sastavu Vaseljenske patrijaršije sa sedištem u Carigradu. Mitropoliti skopski su u to vreme bili etnički Grci. Od oslobođenja Vranja od Osmanske vlasti 1878. godine, severni deo skopske mitropolije koji se našao u nezavisnoj Srbiji pridodat je 1882. godine Eparhiji Niškoj, na čijem je čelu bio mitropolit Viktor Čolakov(ić), etnički Bugarin, koji je i pre oslobođenja bio niški mitropolit. Od 1932. godine dolazi do ponovne pomene, pa je teritorija današnje eparhije izdvojena iz sastava Niške eparhije i ponovo pripojena Skopskoj mitropoliji.
Nakon Aprilskog rata 1941. godine, Bugarska je okupirala jugoistočne delove Kraljevine Jugoslavije. Okupaciona vlast je proterala srpske arhijereje, pa i mitropolita skopskog Josifa Cvijovića, dok je Bugarska pravoslavna crkva na okupiranom području uspostavila svoju upravu. Nakon oslobođenja zemlje Sveti arhijerejski sinod SPC je 1944. godine doneo odluku o povratku svih prognanih arhijereja i sveštenika u svoje eparhije i parohije. Ubrzo se ispostavilo da nova komunistička vlast u mnogim slučajevima nije želela da dopusti povratak na prethodno stanje, što se naročito ispoljio u eparhijama SPC na teritoriji Makedonije. Mitropolit skopski Josif od novih državnih vlasti Makedonije nije dobio dozvolu da se vrati svoju eparhije, čime je označen početak stvaranja današnje nekanonske Makedonske pravoslavne crkve.
Od tada područje Skopske mitropolije, koje je ostalo na teritoriji Srbije, egzistira pod imenom „Deo eparhije skopske“ sa sedištem u Vranju. Crkvena organizacija pod tim nazivom ostaje sve do maja 1975. godine kada Sveti arhijerejski sabor Srpske pravoslavne crkve donosi odluku o obnovi Vranjske eparhije sa sedištem u Vranju.
Irinej, čuvar trona vranjskih episkopa
Sveti arhijerejski sabor Srpske pravoslavne crkve doneo je 30. maja 1975. godine odluku o obnavljanju Pravoslavne eparhije vranjske, sa sedištem episkopa u Vranju. U sastav ove eparhije ušla su i namesništva: Pčinjsko, sa sedištem arhijerejskog namesnika u Vranju, Masuričko-poljaničko, sa sedištem arhijerejskog namesnika u Vladičinom Hanu, Bosiljgradsko, sa sedištem arhijerejskog namesnika u Bosiljgradu i Preševsko sa sedištem arhijerejskog namesnika u Bujanovcu.
Kamen temeljac Eparhijskog dvora
Obnovljena eparhija se privremeno nalazila pod administrativnom i duhovnom vlašću episkopa niškog Jovana Ilića, a potom, posle smrti episkopa Jovana 1975. godine, pod vlašću novoizabranog episkopa niškog Irineja Gavrilovića. Tako je Irinej, episkop niški i administrator Vranjske eparhije, decembra 1976. godine položio kamen temeljac za izgradnju Eparhijskog dvora u Vranju.
Juna 1978. godine, arhimandrit Domentijan Pavlović, dotadašnji rektor Bogoslovije Svetog Save u Beogradu, izabran je za prvog episkopa Vranjskog. Na sam dan ustoličenja novoimenovanog episkopa Vranjske eparhije, Domentijana, septembra 1978. godine, završena je izgradnja Eparhijskog dvora i izvršeno osvećenje istog.
Episkop Domentijan nasrtradao je u saobraćajnoj nesreći jula 1983. godine na putu kod Velike Plane. Sahranjen je u vranjskoj Sabornoj crkvi. Do izbora novog episkopa eparhije Vranjske istom je administrirao episkop niški gospodin Irinej.
Novi episkop Eparhije vranjske postao je dotadašnji vikarni episkop moravički, vikar tadašnjeg patrijarha Germana, gospodin Sava Andrić. Za episkopa moravičkog hirotonisan je na Duhove 1982. godine, a za episkopa vranjskog ustoličen je na gradsku slavu grada Vranja – Duhovski ponedeljak, 1984. godine. Na čelu eparhije Vranjske ostao je do izbora za episkopa braničevskog 1991. godine. Umro je u Požarevcu 1993. godine gde je i sahranjen kraj Saborne crkve sv. Arhangela Mihaila.
Administrator i početkom ’90-ih
Do izbora novog episkopa Vranjske eparhije, 1991. na 1992. godinu eparhijom ponovo administrira episkop niški gospodin Irinej. Na redovnom zasedanju Svetog arhijerejskog sabora SPC, maja 1992. godine za novog episkopa Vranjskog izabran je arhimandrit Pahomije Gačić. 23. avgusta iste godine je hirotonisan i ustoličen od strane patrijarha Pavla i više arhijereja pravoslavne crkve u Sabornom hramu Svete Trojice u Vranju.
Irinej Gavrilović, profesor i rektor Prizrenske bogoslovije, prvo je 1974. izabran za vikarnog episkopa moravičkog, vikara patrijarha Germana, dok je za episkopa niškog izabran maja 1975. godine. Posle smrti patrijarha Pavla, 22. januara 2010. godine na vanrednom zasedanju Svetog arhierejskog sabora Srpske pravoslavne crkve izabran za patrijarha srpskog, ustoličen je u beogradskoj Sabornoj crkvi, a potom i u Pećkoj patrijaršiji. Od posledica zaražavanja virusom COVID-19 preminuo je u Vojno-medicinskom centru Karaburma, zvanično u 7:07 ujutru, 20. novembra 2020. godine.
